Xã Ngọc Côn được thành lập vào ngày 13 tháng 12 năm 2007 trên cơ sở điều chỉnh 2.367,63 ha diện tích tự nhiên và 2.226 người của xã Ngọc Khê.[1]

Đến năm 2019, xã Ngọc Côn được chia thành 11 xóm: Pác Ngà, Keo Giáo, Khưa Hoi, Nà Giáo, Phia Mạ, Phia Muông, Phia Siểm, Pò Peo, Đông Xi, Tậư Bản, Bản Miài.

Ngày 9 tháng 9 năm 2019, sáp nhập hai xóm Keo Giáo và Phia Siểm thành xóm Keo Giáo - Phia Siểm, sáp nhập hai xóm Pò Peo và Phia Muông thành xóm Pò Peo - Phia Muông.[3]